آلودگی عبارت است از هرگونه تغییر در ویژگیهای اجزاء متشکل محیط بطوری که استفاده پیشین از آنها ناممکن گردد وبطور مستقیم یا غیرمستقیم منافع و حیات موجودات را به مخاطره اندازد. انواع آلاینده ها شامل نفت- فلزات سنگین –نانو ذرات و  سموم می باشند.پاسخ های آبزیان در مواجه با آلاینده ها عبارتند از: پاسخ های هورمونی، پاسخ های ژنتیکی، پاسخ های خونی، پاسخ های بافتی، پاسخ های آنزیمی، پاسخ های بیو شیمیایی.نفت:اثرات طولاني مدت نفت بر اجتماعات ماهي ها، عواقب كشنده اي مانند تغيير رفتار و شكل مهاجرت و ميزان زاد و ولد آنها دارند.فلزات سنگین در مقیاس وسیع از منابع طبیعی و غیرطبیعی بطور پیوسته وارد سیستم آبی می شوند و بدلیل مسمومیت، حضور طولانی ، آلودگی موجودات زنده و حضور  در زنجیره غذایی موجودات زنده، تهدیدی جدی برای اکوسیستم بشمار می رود .ورود هر گونه غلظتی از فلزات سنگین به اکوسیستم های آبی می تواند باعث نابودی یا کاهش گونه های خاص در آبزیان و به هم خوردن توازن اکولوژیکی شده و موجب زوال زیستی اکوسیستم را فراهم سازد . نانوذرات شامل ذراتی هستند که ابعاد آن در حدود 1 تا 100 نانومتر است که در اين ابعاد خواص فيزيکي، شيميايي و زيستي ماده غير معمول بوده و کاربردهاي جديد و منحصر به فردي از اين مواد  نانومتري ممکن ميشود. تاثیرآلاینده های مختلف به خصوص فلزات سنگین بر مقادیر هورمون های تیروئیدی گونه های مختلف آبزیان به خوبی تایید شده است.قرار گرفتن ماهی در معرض آلاینده ها در مطالعات ژنوتوکسیکولوژی ایجاد آسیب های ژنتیکی و  به تبع آن تغییر در بیان ژن و جهش در ژن موجود را نشان می دهد.درسالهای اخیر به دلیل کشف ارتباط بین سطوح آلاینده های محیطی با عوارض به و جود آمده. آسیب شناسی بافتی (هیستو پاتولوژی) اندام های حیاتی ماهیان نظیر ابشش ِکبد وگناد بسیار گسترش یافته است. فعالیت های آنزیمی در مواجهه با آلاینده ها می تواند به دلیل از بین رفتن ماهیت (دناتوره شدن)مکان فعالیت های آنزیمی، سرکوب یا کاهش یابد. کبد دارای آنزیم هایی است که دفع و تغییر ماهیت آلاینده های شیمیایی را تسهیل  می کند.بنابر این هرگونه تغییر و آسیب شناسی ناشی از تجمع آلاینده ها در ساختار و عملکرد کبد منجر به تغییر درمیزان فعالیت آنزیم های کبدی (نظیر آمینوترانسفرازها و فسفاتازها) شده و با سنجش این آنزیم ها می توان به آسیب های کبدی ودر نهایت آلودگی محیط پی برد.سطوح گلوکز خون به عنوان نشانگر استرس ایجاد شده مورد بررسی قرار می گیرد. به دلیل شکستن گلیکوژن مقادیر گلوکز در طول اولین فاز استرس اغلب افزایش می یابد. گلو کز کربو هیدراتی است که نقش مهمی در فرآیند بیونرژیتیک دارد ِچون می تواند به انرژی شیمیایی تبدیل شود. آزمایش های محیطی طولانی مدت احتمالا به دلیل مصرف سریع ذخیره انرژی (گلوکز) و تامین همئوستازی بدن توسط سیستم عصبی مرکزی است.د رشرایط نامساعد و تحت استرس هورمون های کاتکل آمین ِآدرنالین و نورآدرنالین توسط سلول های کرومافین به خون ترشح می شوند .این هورمون ها به همراه کورتیزول باعث تحرک وافزایش تولید گلوکز از طریق فرآیند گلیکوژنز می شود تا انرژی مورد نیاز سلول های تحت استرس فراهم شود.تغییر درسنتز پروتئیینیکی از متداولترین واکنش ها به آسیب سلولی استِ بنابراین با سنجش میزان پروتئین نیز می توان به میزان آسیب  سلولی پی برد.